因境内清水河而得名。清乾隆元年（1736年）设置清水河协理通判厅，光绪十年（1884年）改为抚民通判厅。

民国3年（1914年）改厅为清水河县，隶属绥远特别区。

1949年起，先后属萨县专区、集宁专区、平地泉行政区、乌兰察布盟管辖。

1949年6月，清水河县解放。中华人民共和国成立后，建立清水河县人民政府，属绥远省萨拉齐县专署管辖。

1954年，归乌兰察布盟管辖。

1995年，底划归呼和浩特市。

1997年，辖3镇11个乡，县政府驻城关镇。