1998年，汀州镇新设商业城居委会；大同镇新设黄麻畲村委会；河田镇新设黄坑村委会。年底，长汀县辖13个镇、5个乡，9个居委会、290村委会。

2003年之后，长汀县辖12个镇、5个乡：汀州镇、馆前镇、河田镇、大同镇、策武镇、古城镇、新桥镇、童坊镇、南山镇、濯田镇、四都镇、涂坊镇、三洲镇、铁长乡、庵杰乡、宣成乡、红山乡、羊牯乡。